Das Gemeindegebiet von Schwellbrunn wird im südlichen Teil von der relativ stark befahrenen Hauptstrasse Herisau-Waldstatt-Schönengrund-Wattwil durchquert. Das Dorf selbst liegt aber abseits der wichtigen Duchgangsstrasse und wird somit vom lästigen Durchgangsverkehr weitgehend verschont, was wesentlich zu seiner ruhigen Lage beiträgt. Trotzdem bestehen Strassenverbindgungen nach allen Richtungen: nach Herisau, Waldstatt, Schönengrund, Degersheim und St. Peterzell.

Von grosser Bedeutung für die Gemeinde ist die Strasse zum Kantonshauptort und regionalen Zentrum Herisau, nach welchem auch eine gut ausgebaute Busverbindung der Regiobus AG besteht. Über die Linie Herisau - Schwellbrunn ist das Dorf Schwellbrunn sehr gut an den öffentlichen Verkehr angebunden und dank des Nachtbusses auch nach einem Kino- oder Theaterbesuch, etc. am Abend noch gut erreichbar.

In Herisau befinden sich Bahnhöfe der Südostbahn und der Appenzeller Bahnen, in Waldstatt einen der Appenzeller Bahnen. Die Strecke Herisau - Schönengrund wird über eine Postautolinie abgedeckt.